1. THC (Terminal Handling Charge):
Phụ phí xếp dỡ tại cảng là khoản phí thu trên mỗi container để bù đắp chi phí cho các hoạt động làm hàng tại cảng như: xếp dỡ, tập kết container từ CY ra cầu tàu,… Thực chất cảng thu hãng tàu phí xếp dỡ và các phí liên quan khác và hãng tàu sau đó thu lại từ chủ hàng (người gửi và người nhận hàng) khoản phí gọi lag THC

2. D/O (Delivery Order fee): phí lệnh giao hàng
Khi có một lô hàng nhập khẩu vào Việt Nam thì consignee phải đến hãng tàu/forwarder để lấy lệnh giao hàng, mang ra ngoài cảng xuất trình cho kho (hàng lẻ)/ làm phiếu EIR (hàng container FCL) mới lấy được hàng. Các hãng tàu/forwarder phát hành  một D/O nên họ thu phí D/O.

3. Phí AMS (Advanced Manifest System fee)
Phí này bắt buộc do hải quan Mỹ, Canada và một số nước khác yêu cầu khai báo chi tiết hàng hóa trước khi hàng hóa này được xếp lên tàu chở đến USA, Canada,..

4. Phí ANB tương tự như phí AMS (Áp dụng trong châu Á)

5. Phí B/L (Bill of Lading fee), Phí chứng từ (Documentation fee).
Tương tự như phí D/O nhưng mỗi một lô hàng xuất khẩu thì các hãng tàu/forwarder phải phát hành một Bill of Lading (hàng vận tải bằng đường biển ).

6. Phí BAF (Bunker Adjustment Factor): Phụ phí biến động giá nhiên liệu
Là khoản phụ phí hãng tàu thu từ chủ hàng để bù đắp chi phí phát sinh do biến động giá nhiên liệu. Tương đương với thuật ngữ FAF (Fuel Adjustment Factor).

7. CAF (Currency Adjustment Factor): Phụ phí biến động tỷ giá ngoại tệ.
Là khoản phụ phí hãng tàu thu từ chủ hàng để bù đắp chi phí phát sinh do biến động tỷ giá ngoại tệ.

8. CIC (Container Imbalance Charge): Phụ phí mất cân đối vỏ container.
Là khoản phụ phí hãng tàu thu chủ hàng để bù đắp chi phí phát sinh từ việc điều chỉnh một lượng lớn container rỗng từ nơi thừa đến nơi thiếu.

9. COD (Change of Destination): Phụ phí thay đổi nơi đến
Là phụ phí hãng tàu thu để bù đắp các chi phí phát sinh trong trường hợp chủ hàng yêu cầu thay đổi cảng đích, chẳng hạn như: phí xếp dỡ, phí đảo chuyển, phí lưu container, vận chuyển đường bộ,…

10. PSS (Peak Season Surcharge): Phụ phí mùa cao điểm

Phụ phí này thường được các hãng tàu áp dụng trong mùa cao điểm khi có sự tăng mạnh về nhu cầu vận chuyển hàng hóa thành phẩm để chuẩn bị cho những ngày lễ, tết.

11. Loading fee, Labour fee: Phí lao công tại bến bãi

Phí lao công tại bến bãi phát sinh trong quá trình làm hàng lẻ, đây là phí hãng tàu thu để trả cho công nhân làm hàng tại cảng.

12. Phí vệ sinh container (Cleaning container fee)

13. Phí chạy điện: áp dụng cho hàng lạnh, chạy container lạnh tại cảng.

14. Phí lưu container

• Demurrage: phí lưu container tại bãi của cảng mà hãng tàu thu Chủ hàng. Phí lưu bãi được tính từ ngày Container được dỡ từ trên tàu xuống bãi, cho đến ngày Chủ hàng nhận và kéo về kho riêng đối với hàng nhập. Hoặc tính từ ngày Chủ hàng đưa Container hàng đến các bãi chỉ định của từng hãng tàu, cho đến ngày các Container hàng được xếp lên tàu với hàng xuất.

• Storage charge: Phí lưu Container tại bãi mà Cảng thu trực tiếp Chủ hàng. Bản chất là Cảng vụ thu của hãng tàu phí khai thác & sử dụng bến bãi, hãng tàu thu lại của chủ hàng phí lưu Container tại bãi (được hiểu như phí thuê phương tiện – Container & phí thuê bến bãi) tính trên mỗi đơn vị là Container. Phí này được thu bởi Cảng vụ theo biểu giá quy định khi Container còn nằm trong phạm vi bãi cảng và ngoài thời hạn miễn phí cho phép.

• Detention: thường được hiểu như là phí lưu Container tại kho riêng của chủ hàng hay thường gọi là Phí lưu Cont. Phí này được tính từ ngày Chủ hàng lấy container hàng/ rỗng, cho đến ngày Chủ hàng trả container rỗng/hàng về bãi được chỉ định.

15 . Phí ISF ( Importer Security Filing): Kê khai an ninh dành cho nhà nhập khẩu.

Ngoài việc phải kê khai thông tin hải quan Mỹ tự động, tháng 1-2010 Hải quan Mỹ và Cơ quan bảo vệ biên giới Mỹ chính thức áp dụng thêm thủ tục kê khai an ninh dành cho nhà nhập khẩu (ISF – Importer Security Filing).
Ngoài các thông tin giống như khai AMS, thủ tục khai ISF form yêu cầu nhà nhập khẩu ở Mỹ phải cung cấp thêm thông tin khác như nhà sản xuất, thông tin của nhà nhập khẩu (Importer of record number), mã số hàng hóa và nhà vận tải đóng hàng vào container (Consolidator). Thông tin này cũng được yêu cầu phải được kê khai cho Hải quan Mỹ 48 tiếng trước khi tàu ở cảng chuyển tải khởi hành đến Mỹ.
Thường việc kê khai ISF (Importer Security Filing – Kê khai an ninh dành cho nhà nhập khẩu) sẽ cùng lúc với việc khai AMS và các đại lý vận tải sẽ giúp nhà nhập khẩu kê khai thông tin này