Lịch sử vận tải container có thể nói bắt đầu từ đầu thế kỉ 19 khi quân đội Mỹ sử dụng các container (chưa tiêu chuẩn hóa) để vận chuyển hàng quân sự tới các chiến trường châu Âu trong Chiến tranh thế giới thứ nhất.
Tuy nhiên, sự ra đời của container tiêu chuẩn được sử dụng phổ biến ngày nay được cho là bắt đầu từ năm 1937 khi Malcolm McLean, khi đó còn là một lái xe người Mỹ, nghĩ ra cách thức sử dụng các thùng xe tải vận chuyển như những công cụ chứa hàng trên biển.
Sự mở đầu việc sử dụng công cụ này cùng với sự lớn mạnh của công ty Sea-Land, và thịnh hành vận chuyển hàng quân sự trong container để phục cho nhu cầu hậu cần của quân đội Mỹ trong chiến tranh Việt Nam là những nhân tố quan trọng dẫn tới sự phát triển rộng khắp của hình thức vận tải container sau này.
Trong vài thập niên trở lại đây, người ta cũng bắt đầu sử dụng cụm từ container hóa (containerization) để nói về sự thịnh hành và vai trò của hình thức vận tải này trong thương mại toàn cầu.
Sự ra đời và tiêu chuẩn hóa của container như công cụ mang hàng đã giúp tiết kiệm đáng kể chi phí vận tải, đảm bảo tính thuận tiện và khả thi của việc sử dụng kết hợp nhiều phương thức vận tải. Cũng từ đó cho ra đời khái niệm vận tải đa phương thức, theo đó hàng hóa không cần phải dỡ ra và xếp lại vào công cụ mang hàng (container) khi chuyển tiếp giữa các hình thức vận tải (chẳng hạn từ tàu lên xe tải).
Ngày nay, với hệ thống mạng lưới tuyến vận tải container rộng khắp, kết hợp với hình thức vận tải đa phương thức, vận tải container đang ngày càng đóng vai trò quang trọng trong thương mại toàn cầu.
Trong vận tải container, hai hình thức hay được nhắc đến là vận chuyển nguyên container (FCL) và vận chuyển hàng lẻ (LCL). Tất nhiên bên cạnh đó cũng tồn tại những kết hợp giữa hai hình thức này để phù hợp với nhu cầu của người gửi hàng, chẳng hạn FCL/LCL hoặc ngược lại.
Vận tải container cũng đặc thù bởi việc áp dụng phổ biến của các loại phụ phí cước biển. Một trong những nguyên nhân là để các hãng tàu chủ động cân đối dòng thu nhập mà không cần thay đổi biểu cước đã công bố. Các phụ phí phổ biến như: BAF, CAF, THC, CIC…
Vận tải container đòi hỏi rất nhiều nhân lực tham gia. Ngoài hãng tàu, cảng, công ty cho thuê container, còn những công ty trung gian rất quan trọng làm giao nhận (freight forwarder) hay chủ tàu không tàu (NVOCC).
Cũng như trong vận tải biển nói chung, một khái niệm được quan tâm nhiều: Vận đơn đường biển. Cùng với khái niệm vận tải đa phương thức, hay gửi hàng LCL, vận đơn trong những trường hợp này có những đặc thù riêng, phân biệt với vận đơn đường biển nói chung.
Thị trường vận tải container cũng được đánh giá qua các chỉ số. Tương tự như chỉ số BDI sử dụng để đánh giá thị trường vận tải hàng rời, chỉ số BTI trong vận chuyển dầu và sản phẩm của dầu, trong vận tải container chưa có các chỉ số nhất quán như trên, nhưng các công ty môi giới, từ vấn có uy tín cũng tìm cách đưa ra các chỉ số của riêng mình. Hiện phổ biến có các chỉ số như của Howe Robinson, Braemar, Maersk Broker…