Thứ nhất,vận đơn đường biển thường có dẫn chiếu một số công ước quốc tế phổ biến như Hague Rules, Hague Visby Rules hoặc Hamburge Rules. Ngược lại, trên thế giới không có một công ước nào điều chỉnh vận đơn thứ cấp.
Thứ hai, vận đơn đường biển chỉ quy định các quyền và nghĩa vụ người vận tải biển liên quan tới việc bốc xếp, chuyên chở, dỡ hàng và trả hàng phát sinh từ hợp đồng thuê tầu. Ngược lại vận đơn thứ cấp còn chứa đựng những quy định pháp lý về chuyên chở bằng đường bộ, đường sông, đường sắt. Vì vậy, không gian pháp lý của vận đơn thứ cấp rộng hơn vận đơn đường biển.
Thứ ba, trong vận đơn thứ cấp thường ghi địa điểm nhận hàng để chở (place of receip) và địa điểm trả hàng (place of delivery) chứ không đơn thuần cảng bốc hàng và cảng dỡ hàng.

Thứ tư, vận đơn đường biển bao giờ cũng ghi rõ: đã bốc hàng lên tầu (shipped on board) hoặc đã nhận để bốc lên tầu (received for shipment). Ngược lại, vận đơn thứ cấp thường ghi: nhận để vận chuyển (taken in charge for transport) vì có thể chở bằng đường biển, đường sông, đường bộ…
Thứ năm, trong vận đơn đường biển, người gửi hàng gọi là shipper còn trong vận đơn thứ cấp, người gửi hàng gọi là congignor. Trong vận đơn đường biển luôn ghi người nhận hàng (consignee) hoặc đích danh hoặc theo lệnh nhưng trong vận đơn thứ cấp luôn ghi là: hàng được giao nhận theo lệnh (consigned to order of….)
Thứ sáu, vận đơn đường biển luôn có chức năng là chứng từ nhận quyền định đoạt hàng hoá nhưng với vận đơn thứ cấp, tính chất này có hay không do hai bên thoả thuận khi phát hành.
Thú bảy, người chuyên chở đường biển không chịu trách nhiệm về hàng đến chậm nhưng người giao nhận lại phải chịu trách nhiệm về việc này.Có khi họ phải đến gấp đôI số tiền cước cho thiệt hại do giao hàng chậm.
Thứ tám, thời hiệu khiếu nại trong vận đơn đường biển là 1 năm, trong khi đó ở vận đơn thứ cấp chỉ là 9 tháng. Số thời gian chênh lệch là dành cho người giao nhận khiếu nại lại người vận tải chính thức.
Thứ chín, vận đơn đường biển chỉ cần 1 con dấu và 1 chữ ký vì nó chỉ được cấp sau khi hàng đã bốc lên tầu. Trong khi đó, vận đơn thứ cấp do được phát hành khi nhận hàng để chở nên phải có thêm 1 con dấu và 1 chữ ký nữa xác nhận rằng hàng đã được bốc lên tầu (ngày cấp vận đơn thứ cấp và ngày bốc hàng có thể khác nhau).Tuy nhiên trong thức tế sự phân biệt giữa 2 loại vận đơn này chỉ là tương đối. Điều quan trọng là khi có một vận đơn trong tay phải xem xét xem nó là loại gì và ai là người phát hành để khi có tổn thất có thể giải quyết kịp thời, đúng đối tượng.